慢性细菌性前列腺炎在致病菌种类方面与急性细菌性前列腺炎基本相同，二者细菌病原学方面的的差别在于，慢性细菌性前列腺炎病人的前列腺液中细菌的数目较少 。
发病原因
与急性细菌性前列腺炎一样，致病菌为革兰氏阴性需氧菌，如大肠杆菌和绿脓杆菌，某些临床学家则认为革兰氏阳性细菌(如葡萄球菌，链球菌，类白喉菌)也可引起前列腺炎，但与革兰氏阴性菌引起的前列腺感染不同，革兰氏阳性菌引起的前列腺感染很少迁延不愈或导致感染反复发作，除肠球菌引起的前列腺炎例外，但也有许多作者对革兰氏阳性菌引起慢性前列腺炎持怀疑态度，目前有证据表明衣原体，支原体也可引起前列腺感染，但较少见 。
病原学特点
在前列腺液的细菌培养中有可能需要数天甚至数月才能得到阳性结果，这个特点一方面使得慢性细菌性前列腺炎与急性细菌性前列腺炎相比临床上存在着较大的不一样;另一方面，这种低细菌浓度的状况也使抗菌药物的效用及机体自身免疫吞噬作用的效率大大降低，因而增加了诊断的难度 。
解剖特点
在解剖结构上，前列腺的腺管进入前列腺的四周带，使尿液轻易进入前列腺，与此伴随必然影响前列腺液顺利地进入尿道 。此外，前列腺四周带发生炎症所导致的水肿可压迫导管进一步阻碍前列腺液的排出 。在这种状况下，被传染物质的堆积和阻塞导致了腺管内的纤维组织沉积以及结石的产生，从而促进慢性炎症的发生和进展 。
分泌功能障碍
【慢性细菌性前列腺炎的病因是什么，细菌性慢性前列腺炎是怎么引起的】前列腺的分泌功能障碍也被以为是细菌性前列腺炎，特殊是慢性细菌性前列腺炎的发作机理之一 。尽管前列腺液的pH在正凡人中能够是酸性或碱性的，但在慢性细菌性前列腺炎病人中均是碱性的 。锌存在于正凡人的前列腺液中，并且是抗菌因子的重要成分，而它在慢性细菌性前列腺炎病人中水平很低，这可能在慢性细菌性前列腺炎的发作中起到了重要酢用 。
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